Presidencia rotatoria
En el Encuentro de Presidentes celebrado en Toulouse el 10 de febrero de 2006 quedó formalizada la presidencia rotatoria al frente de la Eurorregión Pirineos Mediterráneo. La presidencia rotatoria fué ejercida por el presidente de Midi-Pyrénées, Martin Malvy, hasta el 3 de diciembre de 2007, coincidiendo con el acto de clausura del Congreso de la Eurorregión Pirineos Mediterráneo celebrado en Toulouse.
Durante el año 2008, el turno de la presidencia de la Eurorregión lo ocupa Francesc Antich, presidente del Gobierno de las Islas Baleares.
La presidencia ejerce las funciones de representación de la Eurorregión en los terrenos institucional y político, de acuerdo con las Directrices Anuales de Actuación. También convoca las reuniones y actos oficiales que tienen lugar durante el mandato, atorgando una agilidad superior a la marcha de la organización.
