La organización del Observatorio se llevará a cabo de forma descentralizada y primándose la colaboración en red entre los socios euroregionales. El Departamento de Economía y Finanzas de la Generalitat de Catalunya llevará a cabo la coordinación inicial. Cada región es responsable de proporcionar datos sobre su región referente a las variables e indicadores socioeconómicos que se decidan. Las decisiones serán consensuadas en las reuniones de coordinación del Observatorio, tanto las deciones metodológicas y de contenido estadístico como las referidas a los estudios socioeconómicos que se pretenda elaborar desde el Observatorio.